Las siguientes son las principales líneas de trabajo en torno a las cuales el Ministerio de Agricultura estructura su labor.

1. Desarrollo rural y buen vivir. 
2. Fortalecimiento de la agricultura familiar campesina.
3. Agua y emergencia climática.
4. Sustentabilidad.
5. Seguridad y soberanía alimentaria.
6. Desarrollo forestal.
7. Competitividad en base a la innovación, desarrollo y transferencia tecnológica.
8. Cooperación internacional y comercio exterior.