Las siguientes son las principales líneas de trabajo en torno a las cuales el Ministerio de Agricultura estructura su labor.

1. Mejorar la calidad de vida del mundo rural.
2. Gestión del Recurso Hídrico para el desarrollo rural.
3. Potenciar la Agricultura Familiar y PYMES Agrícolas.
4. Mejorar la integración al mundo y protección del Patrimonio fito y zoosanitario.
5. Modernización Institucional.
6. Investigación e innovación para la productividad del sector.
7. Desarrollo forestal y agrícola sustentable.
8. Mejorar la transparencia y gestión hacia nuestros usuarios.